Addendum: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology

Journal article

Objetivos: Se realizó el presente trabajo de investigación con el objetivo general de analizar las epidemiología molecular y evolutiva del SARS-CoV-2 en Nicaragua desde marzo 2020 hasta septiembre 2022 mediante técnicas de secuenciación genómica. Material y métodos: Se realizó un estudio con el objetivo de analizar la epidemiología molecular y evolutiva del SARS-CoV-2 en Nicaragua entre marzo 2020 y septiembre 2022. Se secuenciaron 1069 muestras de pacientes con COVID 19 de todo el territorio Nacional mediante las tecnologías de Illumina y Oxford Nanopore Technologies. Se realizaron análisis descriptivos y modelos de regresión logística para determinar asociaciones entre las características del virus y el riesgo de hospitalización. Resultados: Las variantes identificadas más frecuente fueron Omicron, Delta (21.32%) y 19B (21.2%), Las variantes menos comunes fueron 21C (Epsilon) y 21H (Mu)). Se identificaron mutaciones en las regiones ORFs y S del genoma del SARS CoV-2, incluso la mutación S:D614G. Se encontraron diferencias significativas en la edad de las personas infectadas con las distintas variantes del SARS CoV 2. Al determinar asociaciones, se encontró una asociación negativa entre el aumento de la edad y el riesgo de ser infectado con la variante 19B. También se encontró una asociación positiva entre el aumento de la edad y el riesgo de ser infectado con las variantes 20B y Delta. Conclusiones: Se identificaron Diferentes variantes circulando en diferentes periodos en Nicaragua. Se identificaron mutaciones de importancia epidemiológica, especialmente la mutación S:D614G. La edad fué un factor predisponente para el riesgo de infección de ciertas variantes. El riesgo de hospitalización aumentó por la infección de ciertas variante

Authors: Rambaut, A; Holmes, EC; O’Toole, Á; Hill, V; McCrone, JT

• Publication status: Published
• Peer review status: Peer reviewed
• Publisher: Nature Research
• Journal: Nature Microbiology
• Volume: 6
• Issue: 3
• Pages: 415-415
• Publication date: 2021-01-29
• DOI: 10.1038/s41564-021-00872-5
• EISSN: 2058-5276
• ISSN: 2058-5276
• Language: English
• Keywords: Disease; Addendum; Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2); Epidemiology; Coronavirus disease 2019 (COVID-19); Biology; Virology; Computational biology; Political science; Nomenclature; Law; Medicine; Pathology; Zoology