.
├── 1.align_nanopore_genomes_to_representative_genomes_and_so_create_SNP_truth_set.pl
├── 2.run_SNP_calling_pipelines.pl
├── 3.filter_VCFs.pl
├── 4.parse_VCFs_to_calculate_summary_statistics.pl
├── commandsForOriginalFigures
│   ├── average_f_score_for_all_pipelines_per_strain_vs_strain_uniqueness
│   │   ├── c_difficile.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   ├── e_coli.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   ├── klebsiella.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   ├── listeria.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   ├── neisseria.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   ├── salmonella.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   ├── shigella.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   ├── staphylococcus.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   ├── streptococcus.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   │   └── tb.average_pipeline_f_score_vs_strain_uniqueness.tsv
│   ├── evaluationOutput
│   │   ├── pipeline_rankings.tsv
│   │   └── summary_statistics.tsv
│   ├── evaluationOutput-repeatmasked
│   │   ├── pipeline_rankings.tsv
│   │   └── summary_statistics.tsv
│   └── figure_creation_commands.txt
├── evaluationOutput
│   ├── pipeline_rankings.tsv
│   └── summary_statistics.tsv
├── evaluationOutput-repeatmasked
│   ├── pipeline_rankings.tsv
│   └── summary_statistics.tsv
├── file_tree.txt
├── filtered_vcfs
│   └── cft073
│       ├── cft073.bwa-mem.freebayes.vcf
│       ├── cft073.bwa-mem.gatk.vcf
│       ├── cft073.bwa-mem.lofreq.vcf
│       ├── cft073.bwa-mem.mpileup.vcf
│       ├── cft073.snippy.snippy.vcf
│       └── cft073.speedseq.speedseq.vcf
├── filter_VCFs.sh
├── illumina_reads_for_nanopore_illumina_hybrid_assemblies
│   ├── cft073.1.fq.gz
│   ├── cft073.2.fq.gz
│   ├── cft073.count
│   ├── cft073.kaiju_species_summary.txt
│   ├── cft073.kraken_species_summary.txt
│   ├── mgh78578.1.fq.gz
│   ├── mgh78578.2.fq.gz
│   ├── mgh78578.count
│   ├── mgh78578.kaiju_species_summary.txt
│   ├── mgh78578.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00029.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00029.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00029.count
│   ├── rbhstw00029.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00029.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00053.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00053.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00053.count
│   ├── rbhstw00053.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00053.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00059.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00059.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00059.count
│   ├── rbhstw00059.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00059.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00122.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00122.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00122.count
│   ├── rbhstw00122.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00122.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00127.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00127.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00127.count
│   ├── rbhstw00127.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00127.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00128.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00128.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00128.count
│   ├── rbhstw00128.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00128.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00131.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00131.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00131.count
│   ├── rbhstw00131.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00131.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00167.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00167.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00167.count
│   ├── rbhstw00167.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00167.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00189.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00189.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00189.count
│   ├── rbhstw00189.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00189.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00277.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00277.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00277.count
│   ├── rbhstw00277.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00277.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00309.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00309.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00309.count
│   ├── rbhstw00309.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00309.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00340.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00340.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00340.count
│   ├── rbhstw00340.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00340.kraken_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00350.1.fq.gz
│   ├── rbhstw00350.2.fq.gz
│   ├── rbhstw00350.count
│   ├── rbhstw00350.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rbhstw00350.kraken_species_summary.txt
│   ├── rhb10c07.1.fq.gz
│   ├── rhb10c07.2.fq.gz
│   ├── rhb10c07.count
│   ├── rhb10c07.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rhb10c07.kraken_species_summary.txt
│   ├── rhb11c04.1.fq.gz
│   ├── rhb11c04.2.fq.gz
│   ├── rhb11c04.count
│   ├── rhb11c04.kaiju_species_summary.txt
│   ├── rhb11c04.kraken_species_summary.txt
│   ├── rhb14c01.1.fq.gz
│   ├── rhb14c01.2.fq.gz
│   ├── rhb14c01.count
│   ├── rhb14c01.kaiju_species_summary.txt
│   └── rhb14c01.kraken_species_summary.txt
├── Installation_instructions.txt
├── nanopore_illumina_hybrid_assemblies
│   ├── cft073
│   │   ├── cft073.blastn.outfmt6
│   │   ├── cft073.fasta
│   │   ├── cft073.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── cft073.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── mgh78578
│   │   ├── mgh78578.blastn.outfmt6
│   │   ├── mgh78578.fasta
│   │   ├── mgh78578.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── mgh78578.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00029
│   │   ├── rbhstw00029.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00029.fasta
│   │   ├── rbhstw00029.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00029.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00053
│   │   ├── rbhstw00053.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00053.fasta
│   │   ├── rbhstw00053.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00053.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00059
│   │   ├── rbhstw00059.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00059.fasta
│   │   ├── rbhstw00059.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00059.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00122
│   │   ├── rbhstw00122.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00122.fasta
│   │   ├── rbhstw00122.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00122.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00127
│   │   ├── rbhstw00127.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00127.fasta
│   │   ├── rbhstw00127.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00127.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00128
│   │   ├── rbhstw00128.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00128.fasta
│   │   ├── rbhstw00128.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00128.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00131
│   │   ├── rbhstw00131.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00131.fasta
│   │   ├── rbhstw00131.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00131.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00167
│   │   ├── rbhstw00167.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00167.fasta
│   │   ├── rbhstw00167.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00167.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00189
│   │   ├── rbhstw00189.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00189.fasta
│   │   ├── rbhstw00189.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00189.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00277
│   │   ├── rbhstw00277.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00277.fasta
│   │   ├── rbhstw00277.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00277.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00309
│   │   ├── rbhstw00309.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00309.fasta
│   │   ├── rbhstw00309.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00309.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00340
│   │   ├── rbhstw00340.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00340.fasta
│   │   ├── rbhstw00340.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00340.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rbhstw00350
│   │   ├── rbhstw00350.blastn.outfmt6
│   │   ├── rbhstw00350.fasta
│   │   ├── rbhstw00350.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rbhstw00350.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rhb10c07
│   │   ├── rhb10c07.blastn.outfmt6
│   │   ├── rhb10c07.fasta
│   │   ├── rhb10c07.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rhb10c07.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   ├── rhb11c04
│   │   ├── rhb11c04.blastn.outfmt6
│   │   ├── rhb11c04.fasta
│   │   ├── rhb11c04.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│   │   └── rhb11c04.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
│   └── rhb14c01
│       ├── rhb14c01.blastn.outfmt6
│       ├── rhb14c01.fasta
│       ├── rhb14c01.varcall_relative_to_representative.nucmer.vcf
│       └── rhb14c01.varcall_relative_to_representative.parsnp.vcf
├── Readme.txt
├── representative_genomes_for_nanopore_illumina_hybrid_assemblies
│   ├── cft073.mash-dist_output.tsv
│   ├── cft073.msh
│   ├── Citrobacter_freundii
│   │   ├── Genome
│   │   ├── GenomeIndex
│   │   ├── GenomeIndexHash
│   │   └── OverflowTable
│   ├── Citrobacter_freundii.1.bt2
│   ├── Citrobacter_freundii.1.ht2
│   ├── Citrobacter_freundii.2.bt2
│   ├── Citrobacter_freundii.2.ht2
│   ├── Citrobacter_freundii.3.bt2
│   ├── Citrobacter_freundii.3.ht2
│   ├── Citrobacter_freundii.4.bt2
│   ├── Citrobacter_freundii.4.ht2
│   ├── Citrobacter_freundii.5.ht2
│   ├── Citrobacter_freundii.6.ht2
│   ├── Citrobacter_freundii.7.ht2
│   ├── Citrobacter_freundii.8.ht2
│   ├── Citrobacter_freundii.blastn.outfmt6
│   ├── Citrobacter_freundii.core.fa
│   ├── Citrobacter_freundii.dict
│   ├── Citrobacter_freundii.fa
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.amb
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.ann
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.bwt
│   ├── Citrobacter_freundii.fa-enc.2.ngm
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.fai
│   ├── Citrobacter_freundii.fa-ht-13-2.3.ngm
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.amb
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.ann
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.bwt
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.fmv
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.fmv.gpu
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.fmv.mmap
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.lkt
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.pac
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.pac.mmap
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.rev.bwt
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.rev.fmv
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.rev.fmv.gpu
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.rev.fmv.mmap
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.rev.lkt
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.rev.pac
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.sa
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.index.tra
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.nhr
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.nin
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.nsq
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.pac
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.sa
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.sslist
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.lf.drp
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.lf.drs
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.lf.drv
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.lf.pst
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.rid.concat
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.rid.limits
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.sa.ind
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.sa.len
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.sa.val
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.txt.concat
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.txt.limits
│   ├── Citrobacter_freundii.fa.yara_idx.txt.size
│   ├── Citrobacter_freundii.gem
│   ├── Citrobacter_freundii.info
│   ├── Citrobacter_freundii.midx
│   ├── Citrobacter_freundii.mmi
│   ├── Citrobacter_freundii.msh
│   ├── Citrobacter_freundii.rev.1.bt2
│   ├── Citrobacter_freundii.rev.2.bt2
│   ├── Citrobacter_freundii.sma
│   ├── Citrobacter_freundii.smi
│   ├── Citrobacter_freundii.sthash
│   ├── Citrobacter_freundii.stidx
│   ├── Enterobacter_cloacae
│   │   ├── Genome
│   │   ├── GenomeIndex
│   │   ├── GenomeIndexHash
│   │   └── OverflowTable
│   ├── Enterobacter_cloacae.1.bt2
│   ├── Enterobacter_cloacae.1.ht2
│   ├── Enterobacter_cloacae.2.bt2
│   ├── Enterobacter_cloacae.2.ht2
│   ├── Enterobacter_cloacae.3.bt2
│   ├── Enterobacter_cloacae.3.ht2
│   ├── Enterobacter_cloacae.4.bt2
│   ├── Enterobacter_cloacae.4.ht2
│   ├── Enterobacter_cloacae.5.ht2
│   ├── Enterobacter_cloacae.6.ht2
│   ├── Enterobacter_cloacae.7.ht2
│   ├── Enterobacter_cloacae.8.ht2
│   ├── Enterobacter_cloacae.blastn.outfmt6
│   ├── Enterobacter_cloacae.core.fa
│   ├── Enterobacter_cloacae.dict
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.amb
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.ann
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.bwt
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa-enc.2.ngm
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.fai
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa-ht-13-2.3.ngm
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.amb
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.ann
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.bwt
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.fmv
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.fmv.gpu
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.fmv.mmap
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.lkt
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.pac
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.pac.mmap
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.rev.bwt
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.rev.fmv
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.rev.fmv.gpu
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.rev.fmv.mmap
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.rev.lkt
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.rev.pac
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.sa
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.index.tra
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.nhr
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.nin
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.nsq
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.pac
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.sa
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.sslist
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.lf.drp
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.lf.drs
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.lf.drv
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.lf.pst
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.rid.concat
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.rid.limits
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.sa.ind
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.sa.len
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.sa.val
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.txt.concat
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.txt.limits
│   ├── Enterobacter_cloacae.fa.yara_idx.txt.size
│   ├── Enterobacter_cloacae.gem
│   ├── Enterobacter_cloacae.info
│   ├── Enterobacter_cloacae.midx
│   ├── Enterobacter_cloacae.mmi
│   ├── Enterobacter_cloacae.msh
│   ├── Enterobacter_cloacae.rev.1.bt2
│   ├── Enterobacter_cloacae.rev.2.bt2
│   ├── Enterobacter_cloacae.sma
│   ├── Enterobacter_cloacae.smi
│   ├── Enterobacter_cloacae.sthash
│   ├── Enterobacter_cloacae.stidx
│   ├── Enterobacter_kobei
│   │   ├── Genome
│   │   ├── GenomeIndex
│   │   ├── GenomeIndexHash
│   │   └── OverflowTable
│   ├── Enterobacter_kobei.1.bt2
│   ├── Enterobacter_kobei.1.ht2
│   ├── Enterobacter_kobei.2.bt2
│   ├── Enterobacter_kobei.2.ht2
│   ├── Enterobacter_kobei.3.bt2
│   ├── Enterobacter_kobei.3.ht2
│   ├── Enterobacter_kobei.4.bt2
│   ├── Enterobacter_kobei.4.ht2
│   ├── Enterobacter_kobei.5.ht2
│   ├── Enterobacter_kobei.6.ht2
│   ├── Enterobacter_kobei.7.ht2
│   ├── Enterobacter_kobei.8.ht2
│   ├── Enterobacter_kobei.blastn.outfmt6
│   ├── Enterobacter_kobei.core.fa
│   ├── Enterobacter_kobei.dict
│   ├── Enterobacter_kobei.fa
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.amb
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.ann
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.bwt
│   ├── Enterobacter_kobei.fa-enc.2.ngm
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.fai
│   ├── Enterobacter_kobei.fa-ht-13-2.3.ngm
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.amb
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.ann
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.bwt
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.fmv
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.fmv.gpu
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.fmv.mmap
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.lkt
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.pac
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.pac.mmap
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.rev.bwt
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.rev.fmv
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.rev.fmv.gpu
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.rev.fmv.mmap
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.rev.lkt
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.rev.pac
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.sa
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.index.tra
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.nhr
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.nin
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.nsq
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.pac
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.sa
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.sslist
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.lf.drp
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.lf.drs
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.lf.drv
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.lf.pst
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.rid.concat
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.rid.limits
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.sa.ind
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.sa.len
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.sa.val
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.txt.concat
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.txt.limits
│   ├── Enterobacter_kobei.fa.yara_idx.txt.size
│   ├── Enterobacter_kobei.gem
│   ├── Enterobacter_kobei.info
│   ├── Enterobacter_kobei.midx
│   ├── Enterobacter_kobei.mmi
│   ├── Enterobacter_kobei.msh
│   ├── Enterobacter_kobei.rev.1.bt2
│   ├── Enterobacter_kobei.rev.2.bt2
│   ├── Enterobacter_kobei.sma
│   ├── Enterobacter_kobei.smi
│   ├── Enterobacter_kobei.sthash
│   ├── Enterobacter_kobei.stidx
│   ├── Escherichia_coli
│   │   ├── Genome
│   │   ├── GenomeIndex
│   │   ├── GenomeIndexHash
│   │   └── OverflowTable
│   ├── Escherichia_coli.1.bt2
│   ├── Escherichia_coli.1.ht2
│   ├── Escherichia_coli.2.bt2
│   ├── Escherichia_coli.2.ht2
│   ├── Escherichia_coli.3.bt2
│   ├── Escherichia_coli.3.ht2
│   ├── Escherichia_coli.4.bt2
│   ├── Escherichia_coli.4.ht2
│   ├── Escherichia_coli.5.ht2
│   ├── Escherichia_coli.6.ht2
│   ├── Escherichia_coli.7.ht2
│   ├── Escherichia_coli.8.ht2
│   ├── Escherichia_coli.blastn.outfmt6
│   ├── Escherichia_coli.core.fa
│   ├── Escherichia_coli.dict
│   ├── Escherichia_coli.fa
│   ├── Escherichia_coli.fa.amb
│   ├── Escherichia_coli.fa.ann
│   ├── Escherichia_coli.fa.bwt
│   ├── Escherichia_coli.fa-enc.2.ngm
│   ├── Escherichia_coli.fa.fai
│   ├── Escherichia_coli.fa-ht-13-2.3.ngm
│   ├── Escherichia_coli.fa.index
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.amb
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.ann
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.bwt
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.fmv
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.fmv.gpu
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.fmv.mmap
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.lkt
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.pac
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.pac.mmap
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.rev.bwt
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.rev.fmv
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.rev.fmv.gpu
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.rev.fmv.mmap
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.rev.lkt
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.rev.pac
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.sa
│   ├── Escherichia_coli.fa.index.tra
│   ├── Escherichia_coli.fa.nhr
│   ├── Escherichia_coli.fa.nin
│   ├── Escherichia_coli.fa.nsq
│   ├── Escherichia_coli.fa.pac
│   ├── Escherichia_coli.fa.sa
│   ├── Escherichia_coli.fa.sslist
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.lf.drp
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.lf.drs
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.lf.drv
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.lf.pst
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.rid.concat
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.rid.limits
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.sa.ind
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.sa.len
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.sa.val
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.txt.concat
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.txt.limits
│   ├── Escherichia_coli.fa.yara_idx.txt.size
│   ├── Escherichia_coli.gem
│   ├── Escherichia_coli.info
│   ├── Escherichia_coli.midx
│   ├── Escherichia_coli.mmi
│   ├── Escherichia_coli.msh
│   ├── Escherichia_coli.rev.1.bt2
│   ├── Escherichia_coli.rev.2.bt2
│   ├── Escherichia_coli.sma
│   ├── Escherichia_coli.smi
│   ├── Escherichia_coli.sthash
│   ├── Escherichia_coli.stidx
│   ├── Klebsiella_oxytoca
│   │   ├── Genome
│   │   ├── GenomeIndex
│   │   ├── GenomeIndexHash
│   │   └── OverflowTable
│   ├── Klebsiella_oxytoca.1.bt2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.1.ht2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.2.bt2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.2.ht2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.3.bt2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.3.ht2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.4.bt2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.4.ht2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.5.ht2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.6.ht2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.7.ht2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.8.ht2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.blastn.outfmt6
│   ├── Klebsiella_oxytoca.core.fa
│   ├── Klebsiella_oxytoca.dict
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.amb
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.ann
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.bwt
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa-enc.2.ngm
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.fai
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa-ht-13-2.3.ngm
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.amb
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.ann
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.bwt
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.fmv
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.fmv.gpu
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.fmv.mmap
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.lkt
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.pac
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.pac.mmap
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.rev.bwt
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.rev.fmv
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.rev.fmv.gpu
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.rev.fmv.mmap
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.rev.lkt
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.rev.pac
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.sa
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.index.tra
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.nhr
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.nin
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.nsq
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.pac
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.sa
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.sslist
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.lf.drp
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.lf.drs
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.lf.drv
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.lf.pst
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.rid.concat
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.rid.limits
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.sa.ind
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.sa.len
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.sa.val
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.txt.concat
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.txt.limits
│   ├── Klebsiella_oxytoca.fa.yara_idx.txt.size
│   ├── Klebsiella_oxytoca.gem
│   ├── Klebsiella_oxytoca.info
│   ├── Klebsiella_oxytoca.midx
│   ├── Klebsiella_oxytoca.mmi
│   ├── Klebsiella_oxytoca.msh
│   ├── Klebsiella_oxytoca.rev.1.bt2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.rev.2.bt2
│   ├── Klebsiella_oxytoca.sma
│   ├── Klebsiella_oxytoca.smi
│   ├── Klebsiella_oxytoca.sthash
│   ├── Klebsiella_oxytoca.stidx
│   ├── Klebsiella_pneumoniae
│   │   ├── Genome
│   │   ├── GenomeIndex
│   │   ├── GenomeIndexHash
│   │   └── OverflowTable
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.1.bt2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.1.ht2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.2.bt2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.2.ht2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.3.bt2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.3.ht2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.4.bt2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.4.ht2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.5.ht2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.6.ht2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.7.ht2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.8.ht2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.blastn.outfmt6
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.core.fa
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.dict
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.amb
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.ann
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.bwt
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa-enc.2.ngm
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.fai
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa-ht-13-2.3.ngm
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.amb
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.ann
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.bwt
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.fmv
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.fmv.gpu
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.fmv.mmap
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.lkt
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.pac
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.pac.mmap
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.rev.bwt
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.rev.fmv
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.rev.fmv.gpu
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.rev.fmv.mmap
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.rev.lkt
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.rev.pac
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.sa
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.index.tra
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.nhr
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.nin
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.nsq
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.pac
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.sa
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.sslist
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.lf.drp
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.lf.drs
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.lf.drv
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.lf.pst
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.rid.concat
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.rid.limits
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.sa.ind
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.sa.len
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.sa.val
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.txt.concat
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.txt.limits
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.fa.yara_idx.txt.size
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.gem
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.info
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.midx
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.mmi
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.msh
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.rev.1.bt2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.rev.2.bt2
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.sma
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.smi
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.sthash
│   ├── Klebsiella_pneumoniae.stidx
│   ├── mgh78578.mash-dist_output.tsv
│   ├── mgh78578.msh
│   ├── rbhstw00029.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00029.msh
│   ├── rbhstw00053.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00053.msh
│   ├── rbhstw00059.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00059.msh
│   ├── rbhstw00122.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00122.msh
│   ├── rbhstw00127.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00127.msh
│   ├── rbhstw00128.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00128.msh
│   ├── rbhstw00131.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00131.msh
│   ├── rbhstw00167.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00167.msh
│   ├── rbhstw00189.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00189.msh
│   ├── rbhstw00277.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00277.msh
│   ├── rbhstw00309.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00309.msh
│   ├── rbhstw00340.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00340.msh
│   ├── rbhstw00350.mash-dist_output.tsv
│   ├── rbhstw00350.msh
│   ├── rhb10c07.mash-dist_output.tsv
│   ├── rhb10c07.msh
│   ├── rhb11c04.mash-dist_output.tsv
│   ├── rhb11c04.msh
│   ├── rhb14c01.mash-dist_output.tsv
│   └── rhb14c01.msh
├── run_SNP_calling_pipelines.sh
└── vcfs
    └── cft073
        ├── cft073.bwa-mem.freebayes.vcf
        ├── cft073.bwa-mem.gatk.vcf
        ├── cft073.bwa-mem.lofreq.vcf
        ├── cft073.bwa-mem.mpileup.vcf
        ├── cft073.snippy.snippy.vcf
        └── cft073.speedseq.speedseq.vcf

37 directories, 676 files
